Однако и на следствии, и в суде Саакян настаивал на том, что взял у Фёдорова деньги в долг. Вот только в назначенный срок вернуть не смог. По ряду объективных и субъективных причин. Среди них он называл финансовый кризис и собственную болезнь.
Однако такие объяснения показались суду неубедительными. Выяснилось, что супруга Саакяна потратила полученные у Фёдорова деньги на погашение личного кредита. Кроме того, подсудимый организовал знакомство Николая Фёдорова и московского адвоката Егиазарова, которого якобы планировал привлечь для исполнения договорённости. Сам Егиазаров пояснял, что из общих разговоров с Фёдоровым и Саакяном понял: передача денег и освобождение Владимира Фёдорова связаны между собой.
Кроме того, суд признал Саакяна виновным в использовании фиктивных документов. Пообещав помочь Николаю Фёдорову с вхождением «Сплава» в госкорпорацию «Росатом», он потребовал у новгородца два чистых бланка с подписями руководителя и печатями предприятия. На бланках, как установил суд, позже были оформлены «выписки» из реестра акционеров «Сплава», согласно которым единоличным владельцем акций корпорации становилась гражданская жена Саакяна.
Однако тут мошенник промахнулся: по установленному в корпорации «Сплав» порядку Николай Фёдоров не имел права получать подобные выписки, поскольку не являлся акционером. Кроме того, Владимир Фёдоров, один из держателей уставного капитала «Сплава», заявил на допросе, что никому свои акции не продавал.
В итоге суд приговорил Саакяна к лишению свободы сроком на шесть с половиной лет с отбыванием в колонии общего режима. За использование подложных документов москвичу был назначен штраф в размере 20 тыс. рублей, но от этого наказания Саакян освобожден в связи с истечением сроков давности привлечения к уголовной ответственности.