В июле 1710 года, вскоре после взятия Выборга, Петр I осматривал окрестности города. По его указанию было выбрано место для будущего монастыря во имя Живоначальной Троицы и святого благоверного князя Александра Невского на берегу Черной речки (впоследствии — Монастырки). 20 февраля 1712 года Петр I приказал объявить архимандриту Феодосию (Яновскому), «дабы начинал на осмотренном месте строить монастырь». 25 марта 1713 года в деревянном храме, освященном в честь Благовещения Пресвятой Богородицы, была совершена Божественная литургия. Монастырь связывала с городом дорога, устроенная в 1712 году по распоряжению архимандрита Феодосия (будущий Невский проспект).
Когда новая столица обстроилась и основанная в ней обитель во имя святого Александра Невского обзавелась приличным храмом и достаточным составом братии, возникла мысль о перенесении в нее святых мощей ее небесного покровителя.
В феврале 1722 года, исполняя указ Петра I, архиепископ Феодосий был во Владимире, в Рождественском монастыре, где находились мощи святого князя Александра Невского. Вместе с архимандритом монастыря Сергием он произвел освидетельствование мощей, хранившихся в серебряной гробнице.
Святейший Синод 30 июня 1723 года постановил: «Святые мощи в Александро-Невский монастырь перенести, по примеру перенесения из Соловецкого монастыря в Москву святых мощей Филиппа-митрополита».
Ковчег с балдахином для мощей с «носилом» (шириной семь аршин, длиной одиннадцать аршин, высотой более пяти аршин) был доставлен из Москвы во Владимир 10 августа. Несли его около 150 человек, а иногда и более. Перенесение святых мощей началось 11 августа 1723 года. После литургии и молебна с водосвятием святые мощи Александра Невского были подняты, вынесены в южные двери собора и поставлены в ковчег. Так как из ворот обители выйти было затруднительно, частично разобрали забор; при шествии через тесную торговую площадь города пришлось сломать несколько прилавков. Город Владимир провожал мощи колокольным звоном до полуночи. Жители ближайших сел встречали и провожали мощи «со многими народными людьми».
18 августа священная реликвия была торжественно встречена в Москве, 23 августа мощи были в Клину, 26-го — в Твери, 28-го — в Торжке, 31-го — в Вышнем Волочке. 9 сентября через озеро Ильмень святые мощи перенесли в Новгород. У Софийского собора был совершен молебен. 10 сентября продолжили путь с мощами по Волхову с остановкой у Хутынского монастыря. 13 сентября их доставили в Старую Ладогу. В Шлиссельбурге 19 сентября святые мощи были встречены и поставлены в каменном храме, где и оставались до июля следующего, 1724 года. 24 июля Петр I повелел архиепископу Феодосию ехать «в Шлиссельбург ко гробу святого благоверного князя Александра Невского с мощами» и завершить их перенесение в Петербург до 30 августа — даты окончания Северной войны.
В самом монастыре для встречи мощей была изготовлена особая лестница для внесения мощей в верхний храм во имя святого Александра Невского. Утром в воскресенье 30 августа 1724 года тремя выстрелами из Петропавловской крепости столица была оповещена о начале торжества. Невский флот в полном составе (был выведен даже ботик Петра I) пошел вверх по Неве навстречу галере со святыми мощами. Петр I перешел на галеру, где сам встал у руля, а бывшие с ним сановники сели за весла. При пушечном салюте и колокольном звоне честные мощи святого князя Александра Невского были встречены на берегу Невы, у речки Монастырки. С берега святые мощи были перенесены царем и сановниками в монастырь и поставлены в новом храме, который освятили в тот же день.
В настоящее время небольшая частица мощей благоверного князя хранится в ковчеге в Троицком соборе Александро-Невской лавры. В этом же соборе хранится также и знаменитая икона — одна из немногих с врезанным в нее мощевиком с частицей святых мощей Александра Невского.